Incapacidad: cómo se paga en Colombia y quién la paga

Qué es una incapacidad médica

Es el tiempo en que un médico u odontólogo certifica que no puedes trabajar por una enfermedad o un accidente. Mientras dure, tu contrato sigue vigente y en lugar del salario recibes un auxilio o subsidio por incapacidad. El certificado debe expedirlo el médico de tu EPS o validarlo ella.

Incapacidad: cómo se paga y quién la paga

Cuánto te pagan por enfermedad general

• Días 1 a 90: las dos terceras partes (2/3) del salario (CST, artículo 227).
• Días 91 a 180: la mitad del salario.
• Piso: el auxilio no puede ser menor que el salario mínimo (Corte Constitucional, Sentencia C-543 de 2007). En 2026, un día de salario mínimo son unos $58.364 (Decreto 1469 de 2025).
• Salario variable: la base es el promedio del año anterior a la incapacidad (artículo 228). La EPS liquida con el ingreso base de cotización del mes anterior.

Incapacidad por accidente de trabajo o enfermedad laboral

Si la incapacidad viene de un accidente de trabajo o de una enfermedad laboral, la ARL te paga un subsidio del 100 % de tu salario base de cotización, desde el día siguiente al accidente o al inicio de la incapacidad, hasta por 180 días, prorrogables por otros 180 si el tratamiento o la rehabilitación lo requieren (Ley 776 de 2002, artículo 3). Cómo se reporta el accidente y qué más paga la ARL está en accidente de trabajo.

Ejemplos de pago de incapacidad en 2026

Con un salario de $3.000.000, del día 91 al 180 la mitad sería $50.000 diarios, pero como es menos que el mínimo, te deben pagar $58.364 por día.

Un dato útil: si ganas menos de 1,5 salarios mínimos (unos $2.626.358 en 2026), las dos terceras partes de tu salario quedan por debajo del mínimo, así que desde el primer día te pagan el día de salario mínimo.

Ejemplo de una incapacidad larga. Laura gana $4.500.000 ($150.000 diarios) y tiene 120 días de incapacidad por enfermedad general:

• Días 1 y 2: la empresa paga 2/3 del día, $100.000 diarios: $200.000.
• Días 3 a 90: la EPS paga 88 días a $100.000: $8.800.000.
• Días 91 a 120: la EPS paga la mitad, $75.000 diarios, que supera el mínimo: $2.250.000.
• Total de los 120 días: $11.250.000.

Requisitos para que la EPS pague

• Estar afiliado como cotizante a la EPS.
• Haber cotizado al menos 4 semanas (28 días) inmediatamente antes de la incapacidad.
• Tener el certificado de incapacidad expedido o validado por la EPS (artículo 2.2.3.3.1 del Decreto 780 de 2016, sustituido por el Decreto 2126 de 2023).

Si te incapacitan durante tus vacaciones, las vacaciones se interrumpen y se reanudan al día siguiente de terminar la incapacidad. Mira cómo se calculan las vacaciones en Colombia.

Cómo es el trámite

1. Entrega el certificado de incapacidad a tu empresa cuanto antes.
2. La empresa, como aportante, lo radica ante la EPS o la ARL.
3. La EPS revisa y liquida en 15 días hábiles y paga al aportante en los 5 días hábiles siguientes; si se demora, debe intereses de mora (artículo 2.2.3.4.3).
4. La empresa te paga la incapacidad en tu nómina.

Prórrogas e incapacidades al mismo tiempo

• La base no cambia con las prórrogas: la EPS liquida con el ingreso base de cotización del mes anterior al primer día de la incapacidad inicial, no al de cada prórroga (artículo 2.2.3.3.1 del Decreto 780 de 2016).
• La prórroga se puede expedir por adelantado: si es por el mismo diagnóstico o uno relacionado, el médico puede darla en una consulta de control hecha hasta 8 días antes de que termine la incapacidad vigente (artículo 2.2.3.3.5).
• Dos incapacidades simultáneas de origen común cuentan como una sola, desde el primer día de la primera hasta el último día de la más larga (artículo 2.2.3.3.7).
• Si una es común y otra laboral al mismo tiempo, se paga una sola prestación: la que más te beneficie.

Incapacidad expedida en otro país

Si te enfermaste fuera de Colombia, el certificado sirve, pero debe estar legalizado o apostillado en la embajada o el consulado de Colombia, con el resumen de la historia clínica y ambos traducidos al español por traductor oficial. La empresa tiene seis meses desde el inicio de la incapacidad para pedir a la EPS que lo valide (artículo 2.2.3.3.6).

¿Te pueden despedir estando incapacitado?

La incapacidad no termina tu contrato. Hay dos reglas que conviene conocer:

• Enfermedad que no se cura en 180 días: el artículo 62 del Código Sustantivo del Trabajo la permite como justa causa solo después de esos 180 días, con 15 días de aviso, y sin que la empresa quede libre de las prestaciones e indemnizaciones derivadas de la enfermedad.
• Discapacidad: nadie puede ser despedido por su discapacidad sin autorización del Ministerio del Trabajo; si ocurre, se debe una indemnización de 180 días de salario, además de las otras (Ley 361 de 1997, artículo 26).

Si te despiden por otra razón sin justa causa, te deben la indemnización del artículo 64. Lo explicamos en qué es despido sin justa causa.

Errores comunes con las incapacidades

• Entregar tarde el certificado: dale el original a tu empresa cuanto antes, para que pueda radicarlo.
• Traer una incapacidad de médico particular sin validar: la EPS reconoce el certificado expedido por su red o validado por ella; pide la validación.
• Tratar como enfermedad común lo que fue un accidente de trabajo: si te lesionaste trabajando, exige el reporte a la ARL, que paga el 100 %.
• Aceptar menos del mínimo: ningún día de incapacidad por enfermedad general se paga por debajo de un día de salario mínimo.

Incapacidad retroactiva

Una incapacidad retroactiva es la que se expide con fecha de inicio anterior a la consulta, por ejemplo cuando te atendieron en otro lugar. El Decreto 2126 de 2023 regula estos certificados por eventos ocurridos antes (artículo 2.2.3.3.4); pregunta en tu EPS los requisitos, porque no se aceptan en cualquier caso.

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